華盛頓大學生物工程系共設(shè)有以下五個學位項目，分別有：

5年制本碩連讀項目：僅向華盛頓大學本科在校生提供。

應(yīng)用生物工程碩士：為期1年，共計55個學分，屬專業(yè)碩士項目。要求申請者本科畢業(yè)，擁有生物工程、工程學、生物學、物理、應(yīng)用科學相關(guān)專業(yè)背景，非工程專業(yè)背景（生物學、化學、物理）亦可申請，如有相關(guān)工作或?qū)嵙暯?jīng)驗則更受歡迎。該項目以授課內(nèi)容為主，無需撰寫畢業(yè)論文，提供暑期實習項目。無獎學金申請，國際學生需自費攻讀。該項目開設(shè)的核心課程包括生物工程臨床實習、設(shè)計技能一：臨床需求評估、設(shè)計技能二：設(shè)計方案、設(shè)計技能三：項目實施、高級頂點設(shè)計項目或工業(yè)實習、技術(shù)商業(yè)化基礎(chǔ)、生物醫(yī)學與創(chuàng)業(yè)管理、商業(yè)規(guī)劃與實習、生物工程研討會。專業(yè)方向有：生物醫(yī)學成像、分子生物工程與生物材料、可再生醫(yī)學與生物材料。

生物工程碩士：為期2年，共計26個學期學分。要求申請者本科畢業(yè)，擁有生物工程、化學工程、化學、物理、生物學、計算機科學、電氣工程專業(yè)背景，如有相關(guān)研究或?qū)嶒炇遥駪B(tài)或計算建模）經(jīng)歷則更受歡迎。該項目以授課內(nèi)容為主，含有一定的研究內(nèi)容，需要撰寫畢業(yè)論文。畢業(yè)生可選擇就業(yè)或繼續(xù)攻讀博士學位。該項目獲得TA/RA的幾率較小，基本上給與博士的名額較多，但仍然可以爭取。

生物工程博士：為期4-5年，共計33個學期學分。要求申請者本科畢業(yè)，擁有生物工程、化學工程、化學、物理、生物學、計算機科學、電氣工程專業(yè)背景，如有相關(guān)研究或?qū)嶒炇遥駪B(tài)或計算建模）經(jīng)歷則更受歡迎，無需碩士學歷即可申請。該項目以研究內(nèi)容為主，需要撰寫畢業(yè)論文。共計36個課程學分，包括1-2個實驗室項目和1個TA項目。

制藥生物工程在線碩士：主要是為在職人員提供的，運用已有的生物技術(shù)、制藥技術(shù)與分子細胞生物學、藥品開發(fā)與設(shè)計、制藥與制藥翻譯領(lǐng)域相結(jié)合，更好的運用于實踐中。

MS與PhD項目的申請者需提前列出與之研究領(lǐng)域相關(guān)的導師列表，3-8個不等。此外，修讀部分前置課程也是錄取因素之一，具體有：代數(shù)、線性代數(shù)、三角；常微分方程；信號分析；概率論與統(tǒng)計學；電氣工程與物理；化學（包括有機化學、無機化學、生物化學）；材料科學；速率處理與數(shù)學；細胞生物學。